军攻撃灭亡后，小寺政职的御着城也在天正7年（1579年）遭到羽柴秀吉攻打，小寺政职不敌之下开城逃亡，从英贺经由水路逃往毛利领下的备后国鞆之浦。天正12年（1584年）5月在当地病故。
他的崛起和覆灭与黑田官兵卫有着莫大的关系，要是他听从了黑田官兵卫的劝告，就不会死了。
现在的他还是很听从黑田官兵卫的计谋的。他稳坐幕府，是相信官兵卫可以为他解决一切。
他回头对黑田官兵卫问道：“官兵卫，你看该如何处理？”
黑田官兵卫说道：“主公大人，这个消息来的太突然了，我们应该先确认消息的正确性。”
小寺政职点点头，随后转头大声喊道：“诸位请听我一言！”
幕府内众人慢慢停下来，看着说话的小寺政职。
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