此时一揆方所余，只有长岛、大鸟居、屋长岛、筱桥、中江五砦而已。
织田信长父子将本阵前移到殿名，指挥诸将猛攻上述五砦。
八月二日，织田军用大铁炮打破了大鸟居的砦墙，据守砦中的一揆势力提出投降请求，却被信长一口回绝了。
“奸恶之徒必须杀尽，以偿还他们多年来叛乱破坏的罪过！”他这样喝骂道。
当夜，大鸟居中的一揆趁着风雨，携家带口蜂拥逃出，织田军在后猛追，不管男女老幼，不管是否战斗人员，开始了残酷的大屠杀。暴动群众被毫不留情地杀死一千余人！
十二日，织田军又攻克筱桥砦。但因为前后猛攻月余，自己也损失惨重，信长决定对剩下的三砦采取长期围困策略，希图将敌人拖垮和饿死。
包围战一直持续到九月底，长岛砦一揆弹尽粮绝，过半躲入砦内躲避兵祸的百姓饿死，遂再度提出投降的请求。
有了上回攻击大鸟砦的教训，信长这次很爽快地就答应了对方的请求。
九月二十八日，一揆和家属百姓纷纷打开砦门，乘坐小船前往织田军阵归降。
但等他们来到河中心，突然遭受到敌军铁炮攒射，随即是大安宅船的撞击，织田水军的白刃相加。
可怜的百姓如稻草般成片倒下，鲜血把河川都染红了。对于这种违背承诺的无耻举动，百姓们愤怒如狂，有六七百人虽然身不披甲，手无寸铁，仍然冒着枪林弹雨，猛扑到织田军中，用拳头和牙齿攻击敌人。
面对面对这些走投无路，丝毫不知恐惧为何物的百姓，织田军卒面如土色，纷纷向后溃逃。
织田信长终于尝到了背弃信约，残酷镇压百姓的恶果，他的庶兄织田信广、十弟津田秀成、叔父津田信次，以及叔父信光的三个儿子津田信成、信昌、仙千代，全都在此役中被暴怒的长岛百姓杀死！
仇恨的怒火相互引燃，越烧越旺。得知这些噩耗的信长更为怒发如狂，手段也更加残忍。
攻破长岛砦后，他率兵重重包围了剩下的中江和屋长岛两砦，竟然放火将砦中百姓近两万人全部活活烧死！
困扰了织田信长多年的长岛一向一揆被彻底歼灭，这也让织田信长的恶名更加远杨，人们又记起了这个被称为第六天魔王的佛敌。
一向宗的势力遭到了重大的打击，再也没有一向宗信徒在背后牵扯织田信长的精力，接下来的日子，石山本愿寺不得不直面织田信长的压力。
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